Im Jahr 1821 wurde die Protestantisch-theologische Lehranstalt in Wien gegründet, damals noch außerhalb des Universitätsverbundes, um die evangelischen Geistlichen des Habsburgerreiches auszubilden. Nach dem am römisch-katholischen Widerstand gescheiterten Versuch, die Lehranstalt in die Alma Mater Rudolfina zu inkorporieren (1848), wurde sie immerhin zu einer Fakultät erhoben (1850). Damit konnte sie alle Freiheiten der wissenschaftlichen Forschung und Lehre ausüben. Bis zum Ende der Monarchie war die Fakultät vor allem geprägt von den Spannungen zwischen den Nationen der Donaumonarchie, konnte aber ihren akademischen Ruf stetig verbessern. Der Zusammenbruch der Monarchie veränderte ihren kirchlichen und sprachlichen Hintergrund radikal, dennoch nahm sie einen enormen Aufschwung. Nach ihrem 100-jährigen Jubiläum wurde die Fakultät erst in der Ersten Republik in die Universität Wien eingegliedert (20.7.1922), seit 1928 waren auch Studentinnen zugelassen. Die folgenden Jahrzehnte waren durch enge Verbindungen mit der deutschen Universitätslandschaft geprägt. Mit dem Anschluss Österreichs an Hitlerdeutschland 1938, der von der Fakultät im Wesentlichen begrüßt wurde, versuchte sie sich als Grenzlandfakultät für den Südosten zu profilieren, was aber misslang. Nach dem 2. Weltkrieg erfolgte ein (teilweiser) personeller Neubeginn, die Studierendenzahlen stiegen und das Lehrangebot wurde erheblich erweitert.

→ Hier gibt es die detaillierte Geschichte der Fakultät nachzulesen